吉林大学第二医院是卫生部部管，教育部部属大型综合性教学医院，原名白求恩医科大学第二临床学院，创建于1948年，其前身是始建于1936年的伪满洲国新京特别市立医院，栉风沐雨几度更名，于1978年8月正式定名为白求恩医科大学第二临床学院。2000年6月五校合并改名为吉林大学第二医院。

　　医院占地面积65725平方米，建筑面积115863.6平方米。2008年门急诊量达70万人次，住院病人近5万人次，其中手术病人2.2万人次。医院医疗、科研力量雄厚、人员梯队合理。每年承担国家、卫生部及省市重大科研课题近百项，而且还承担吉林大学临床医学专业、妇幼卫生专业、口腔医学专业本科生和成人教育学院、护理学院等学生的临床教学任务，现有具有高级职称医护人员253人，有96名硕士生导师，27名博士生导师。2006年——2008年共发表科技学术论文1815篇，其中被SCI收录的科技学术论文37篇；纵向课题191项，其中国家自然科学基金13项，“863”子课题1项，“973”子课题1项；横向课题33项。医院现设有38个临床科室，12个医技科室，15个教研室，拥有病床1740张。吉林省呼吸病研究所、吉林省围产医学研究中心等10余个省级研究中心均设在二院，以其精湛的医疗技术，担负着全省的医疗会诊任务。是卫生部临床药理基地和卫生部国际紧急救援中心网络医院。
　　医院的仪器设备不断更新，有国际领先的核磁共振机、数字减影机、64排螺旋CT机、眼科准分子激光曲光系列矫正仪、全国领先的NT系列内镜图像显示仪、彩色多普勒、眼科玻璃体切割机、激光视网膜脉络膜造影系统、全自动生化分析仪、直线加速器、钴60 放射治疗机等大型仪器设备300余台件。